อาคารเก่าของพิพิธภัณฑ์ ตั้งอยู่ในสวนสุลต่านในเมืองมาเล ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของบริเวณพระราชวังมัลดีฟส์ที่มีอายุย้อนกลับไปตั้งแต่คริสต์ศตวรรษที่ 17 อาคารหอสูง 3 ชั้น (มัลดีฟส์: އުސްގެކޮޅު; Usgekolhu) เป็นโครงสร้างเพียงแห่งเดียวที่เหลืออยู่ของพระราชวังที่ถูกทำลายด้วยเพลิงไหม้ใน พ.ศ. 2511[4]

อาคารใหม่ของพิพิธภัณฑ์ตั้งอยู่ในสวนสุลต่านเช่นกัน อาคารหลังนี้ได้รับทุนสนับสนุนจากรัฐบาลจีน มีพื้นที่รวม 53,550 ตารางฟุต ออกแบบและก่อสร้างโดยบริษัทชานตงฉีหลู่ (จีน: 山东齐鲁建设集团有限公司)[5] เมื่อแล้วเสร็จรัฐบาลจีนได้ส่งมอบโครงการให้แก่รัฐบาลมัลดีฟส์ในวันที่ 10 กรกฎาคม พ.ศ. 2553 แต่พิพิธภัณฑ์ได้เปิดอย่างเป็นทางการและประกาศให้เป็นพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติในอีกสองสัปดาห์ต่อมาในวันประกาศอิสรภาพมัลดีฟส์ 26 กรกฎาคม พ.ศ. 2553

การตกแต่งภายในของพิพิธภัณฑ์ยังคงรักษารูปแบบในสมัยที่สุลต่านปกครองประเทศ รวมถึงมีภาพสลักของพระคัมภีร์อัลกุรอานที่เขียนด้วยลายมือบนผนังของอาคาร